Quand les jeux vidéos font avancer la science

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Une énigme du virus du sida résolue par... les adeptes d'un jeu en ligne

Info rédaction, publiée le 19 septembre 2011

Les adeptes de Foldit, un jeu vidéo sur Internet, ont fourni un sérieux coup de pouce aux scientifiques. Ils sont parvenus à décoder en trois semaines la structure d'une enzyme proche de celle du virus du SIDA, une énigme qui tenait les scientifiques en échec depuis dix ans.

La réponse est venue de là où les scientifiques ne l'attendaient pas. Depuis plus d'une décennie, les chercheurs s'asticotaient les méninges sur une enzyme utilisée par les rétrovirus tels que le virus VIH, mais rien n'y faisait : ils n'arrivaient pas à déterminer la structure exacte de la molécule. Pourtant, ce type d'enzymes, appelé protéase virale, joue un rôle fondamental dans la manière dont prolifèrent ces virus particuliers. Ainsi, les chercheurs étaient persuadés qu'en bloquant leur action, il pourrait parvenir à trouver une nouvelle piste thérapeutique. Seulement voilà, sans la structure exacte, impossible de déterminer les substances capables de les inhiber et les zones de l'enzyme à cibler. Un problème qui est aujourd'hui résolu.

En effet, la revue Nature Structural & Molecular Biology vient tout juste de publier la structure 3D de l'enzyme, mais cet exploit n'a pas mobilisé que des chercheurs. La clé de ces travaux a même été fournie par... les adeptes d'un jeu vidéo en ligne baptisé Foldit qui figurent ainsi en co-auteurs de l'étude. Ce dernier est un jeu vidéo expérimental développé en 2008 en collaboration entre les départements d'informatique et de biochimie de l'Université de Washington (USA) et accessible à tous sur internet. Son but est en fait d'amener des joueurs humains à résoudre un problème auquel se heurtent toujours les ordinateurs, en l'occurrence ici : comment une molécule se plie pour former une structure en trois dimensions et donner ainsi naissance à une protéine.

Des milliers de joueurs sur toute la planète

"Les gens ont des capacités de raisonnement dans l'espace bien supérieures à celle des ordinateurs", explique Seth Cooper, l'un des créateurs de Foldit. Aussi, pour cet objectif précis, le jeu a réuni des milliers de joueurs du monde entier, collégiens ou retraités, répartis en équipes concurrentes. Connectés au cyberespace, ils ont manipulé des chaînes d'acides aminés, les briques élémentaires qui composent les protéines, les pliant et les repliant dans toutes les combinaisons imaginables pour tenter d'aboutir à une structure viable, explique l'AFP. Toutefois, ils étaient tout de même aidés par un programme informatique baptisé Rosetta, en référence à la Pierre de Rosette qui avait permis à Champollion de déchiffre les hiéroglyphes égyptiens.

Au final, les modèles de protéines transmis par les joueurs via internet se sont avérés tellement proches de la réalité qu'il n'a fallu que quelques jours aux chercheurs pour les affiner et établir la structure exacte de l'enzyme. En trois semaines en tout, l'énigme était résolue. "Les résultats publiés cette semaine montrent qu'en combinant les jeux, la science et l'informatique, on parvient à des avancées qui n'étaient pas envisageables jusqu'alors", précise Seth Cooper cité par l'AFP. Désormais, les chercheurs espèrent donc utiliser cette découverte cruciale pour faire avancer leurs recherches en matière de traitements de ces virus.